马里奥和路易吉是生活在布鲁克林的两名水管工，他们刚刚成立了自己的小公司，但很显然，他们的家人并不完全支持兄弟两人的这份事业。

某日，在工作中，马里奥和路易吉被水管吸入到了一个光怪陆离的世界之中，两人在旅途中被迫分开，马里奥来到了由桃花公主统治的蘑菇国，而路易吉则不幸的被传送到了由酷霸王统治的库巴国。