战国时代，为了成长成为一名出色的忍者，贫民之家的少年乱太郎进入了一流的忍者学校忍术学园学习。

就读于一年叶组的乱太郎结识了好吃贪睡的新兵卫、干着多份兼职的孤儿雾丸以及许多同龄好朋友。

小忍蛋们每日的学习紧张有趣，搞怪不断。

在第一年的暑假，四年叶组的齐藤鹰丸和父亲齐藤幸隆遭到刺客万寿鸟和土寿鸟的袭击。

由此引发了忍术学园和稗田八方斋率领的毒竹忍者队的大对抗。

究竟谁能敲响打鸣寺的钟声？

忍蛋和毒竹忍者的对决就此展开……