《E5系隼鸟》、《N700A希望号》等真实存在的新干线变形的机器人“新干线”的驾驶员的孩子们,与大人们协力对抗敌人的模样,是电视动画《新干线变形机器人新干线》的剧场版。
新一代新干线开发的试验车“ALFA-X”作为新干线登场,描绘了和新的驾驶员一起战斗的模样。
哈恩的父亲再次向哈恩发起了攻击。
在无法掩饰不安的隼人面前,超越时空出现了9岁的圣人。
穿越过来的少年霍克特为了保护地球,回到原来的时间,决定成为集结最新技术完成的“辛卡里昂ALFA-X”的驾驶员。