14年前,初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击,使世界发生前所未有的巨变。
在此之后,葛城美里等NERV旧部出走,成立了反抗seele和NERV的Wille。
Wille授命明日香和真里夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣,但绝对禁止真嗣登上初号机。
感受到周遭的敌意,懵懂的真嗣跟随绫波丽登上突然入侵的九号机,返回了千疮百孔的NERV总部。
在这里,他意外重逢朝思夜想的绫波,还从父亲那里得知自己将和美少年渚薰共同驾驶十三号机。
长达14年的空白,期间的沧桑巨变和情感纠葛让真嗣不知所措。
而看似温柔的渚薰为他揭开了种种难以置信的真相……